Der Keller liegt im Bereich der abgebrochenen Südwestecke der mittelalterlichen Stadtmauer, dort wo das Haus des Kirchherrn von Willisau errichtet worden war. Das Kirchherrenhaus wird 1471 erstmals erwähnt: «des kilchheren hus uf dem berg» blieb vom grossen Stadtbrand verschont.

Der Zugang zum Keller liegt in der Südostecke unmittelbar neben der Stadtmauer und ist in sechs Stufen erhalten. Die historischen Mauerreste wurden im Originalzustand belassen und nur so weit wie notwenig stabilisiert und konserviert. Im Bereich des Bollensteinbodens im mittelalterlichen Keller erhielt der Raum einen neuen Glasboden, durch den die BesucherInnen den originalen Bodenbelag betrachten und darauf gehen können, ohne diesen zu zerstören.

Verschiedene Illustrationen und Abbildungen von Funden befinden sich in einem an der Westwand angebrachten Leuchtkasten. Die historische Substanz, die Ruinen der alten Stadtmauer und die Überreste des Kellers des Kirchherrnhauses ermöglichen den Besuchern einen Einblick in Teile der Willisauer Stadtgeschichte.